PIZZI CINZIA

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Structure Department of Information Engineering
Telephone 0498277921
Qualification Ricercatore universitario confermato
Scientific sector ING-INF/05 - DATA PROCESSING SYSTEMS
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Office hours
Tuesday from 14:30 to 15:30 Stanza 322b, terzo piano sede DEI/G del Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione - via Gradenigo 6 - Padova Si prega di inviare una mail per richiedere un appuntamento.
(updated on 24/03/2017 10:17)

Proposals for thesis
Sono disponibili tesi di laurea triennale e magistrale per studenti delle lauree triennali in Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Informatica, e per lauree magistrali in Ingegneria Informatica.

I temi riguardano algoritmi e strutture dati per l'analisi di sequenze e grafi con applicazione, in particolare, all'analisi genomica (DNA di singole specie) e metagenomica (DNA di piu' specie presenti nel medesimo ambiente). I problemi proposti possono riguardare la scoperta di segnali che hanno un ruolo biologico attraverso analisi statistiche, oppure la classificazione o il clustering delle specie.

Vista la generalita' delle strutture utilizzate e' possibile che siano disponibili tesi anche in altri abiti, oltre alla bioinformatica. A titolo esemplificativo, sono state svolte in passato tesi relative all'analisi dal punto di vista sociologico di testi riguardanti un dato periodo storico, allo studio di reti sociali dinamiche per modellare flussi migratori, e all'analisi di blog.

Per maggiori informazioni contattare direttamente il docente.

Curriculum Vitae
C.Pizzi è ricercatore al Dip.to di Ing. dell'Informazione, Univ. di Padova dal 2011. La sua ricerca è nell'ambito di algoritmi su stringhe, strutture dati, bioinformatica, reti sociali. In particolare si è occupata di approcci compatti per la ricerca e la scoperta di segnali biologici utilizzando pattern con variabilità, co-occorrenze, matrici di posizione pesate. Recentemente si interessa di metodi alignment-free per il confronto di sequenze e di analisi di reti sociali dinamiche.
C.Pizzi ha conseguito la Laurea in Ing. Informatica nel 2001 (con lode) e il dottorato in Ing. Informatica ed Elettronica Ind. presso Univ. di Padova nel 2005. Dopo una borsa di studio Marie-Curie presso European Bioinformatics Institute (EBI), è stata postdoc al Dip. di Informatica, Univ. di Helsinki, e nel 2007 ha ottenuto una INRIA fellowship presso Univ. Lyon I. Nel 2008 è rientrata all'Univ. di Padova, dove ha vinto il premio di ricerca "Avere Trent'anni", e nel 2010 ha ricevuto la nomination come "Outstanding Young Researcher" dal Dip. di Ing. dell'Informazione. Ha visitato il Renyi Inst. of Math. (Accademia delle Scienze Ungherese), GeorgiaTech e Purdue Univ. (USA), EBI (Cambridge, UK), Seoul Univ. Ha tenuto seminari su invito in diversi instituti internazionali. È stata membro nel comitato di programma di WABI e altre conferenze internaz. di bioinformatica, e nel comitato org. di RECOMB 2006. È revisore per riviste e conferenze intl. di Informatica e Bioinformatica. La sua ricerca è stata supportata da: progetti di ateneo, EU project HuBi, Marie Curie Transfer of Knowledge e Early Stage fellowships; INRIA fellowship; EU project Regulatory Genomics, Academy of Finland; progetti di ricerca nazionali PRIN e FIRB. E' attualmente Principal Investigator (Responsabile Nazionale) di un PRIN.

Esperienza nell'ambito della Didattica, DEI, Univ. di Padova
C.Pizzi è Professore Aggregato di “Informatica Teorica" (laurea triennale Ing. dell’Informazione) dall’A.A. 10/11. In precedenza è stata titolare (a contratto) del medesimo insegnamento per la Laurea Specialistica in Informatica (05/06-07/08). Dal 2013 è anche docente del corso “Algoritmi per la Bioinformatica”. È stata relatore e correlatore di tesi di Laurea Triennale, Specialistica e Magistrale in Ing. Informatica e dell’Informazione.

Attività di servizio alla Comunità Scientifica
C.Pizzi è stata membro di Comitato di Programma di WABI, ITBAM, Global Health, Artificial Intelligence in Medicine, del Comitato Tecnico IEEE-WCCI 2008, del Comitato Organizzazione RECOMB06. È revisore per numerose riviste internazionali (ad es. Theoretical Computer Science, Journal of Discrete Algorithms, BMC Bioinformatics, Bioinformatics, ACM/IEEE Transaction in Computational Biology), e conferenze internazionali (CPM, SPIRE, ICALP)

Borse e premi di studio
Nomination “Outstanding Young Researcher”, 2010; Premio di Ricerca "Avere Trent'Anni", 2008; EU Marie-Curie Fellowship, 2005; borsa di dottorato, 2003-2004; Fondazione Ing.A.Gini: borsa di studio 98/99 e Premio di ricerca 1999; borsa di studio Erasmus 98/99

Seminari su Invito
Workshop on Combinatorial Algorithms in Bioinformatics, 2012; Renyi Inst. for Math., 2010; Inst. fur Bioinformatics, Univ. of Bielefeld, 2010; Dagstuhl Seminar 2010 e 2006; Univ. della Calabria, 2009; Notte della Ricerca Padova, 2008; Texas A&M University, USA, 2008; Haifa Intl. Stringology Research Workshop, 2006; Dept.Statistics, Univ.Oxford, UK, 2005; Univ. of Helsinki, 2005

Research areas
Algoritmi e strutture dati per l'analisi di dati rappresentabili come insiemi di stringhe e grafi in ambito bioinformatico e sociale e per lo studio della loro evoluzione temporale.

String algorithms
Bioinformatics
Pattern Matching
Pattern Discovery
Data structures
Temporal Data Analysis
Computational Biology
Computational Social Science

Publications
Selected Publications:

INTERNATIONAL JOURNAL
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Irredundant Tandem Motifs
Theoretical Computer Science, 525:89-102, 2014
- A.Apostolico, P.L.Erdos, E.Gyory, Z.Liptak, C.Pizzi
Efficient Algorithms for the Periodic Subgraphs Mining Problem
Journal of Discrete Algorithms,17:24-30,2012
- A.Apostolico, C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Algorithms for the Discovery of Gapped Factors
Algorithms for Molecular Biology,6:5,2011
- A.Apostolico, M.Barbares, C.Pizzi
Speedup for a Periodic Subgraph Miner
Information Processing Letters,111:521-523,2011
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Finding significant matches of position weight matrices in linear time
IEEE Transaction on Computational Biology and Bioinformatics,8(1):69-79,2011
- J.Korhonen, P.Martinmaki, C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences
Bioinformatics,25(23):3181-3182,2009
- C.Pizzi
k-difference matching in amortized linear time for all the words in a text
Theoretical Computer Science,410(8-10):983-987,2009
- A.Apostolico, C.Pizzi
Scoring Unusual Words with Varying Mismatch Errors
Mathematics in Computer Science, Special Issue in Combinatorial Algorithms,1(4):639-653,2008
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Fast Profile Matching Algorithms
Theoretical Computer Science,395(2-3):137--157, Special Issue SAIL: String Algorithms, Information and Learning,2008
- A.Apostolico, C.Pizzi
Motif Discovery by Monotone Scores
Discrete Applied Mathematics,155(6-7):695-706,2007, Computational Molecular Biology Series
- C.Pizzi, S.Bortoluzzi, A.Bisognin, A.Coppe, G.A.Danieli
Detecting Seeded Motifs in DNA Sequences
Nucleic Acids Research,33:e135,2005,Cover Paper
- S.Bortoluzzi, A.Coppe, A.Bisognin, C.Pizzi, G.A.Danieli
A Multistep Bioinformatic Approach Detects Putative Regulatory Elements in Gene Promoters
BMC Bioinformatics,6:121,2005

BOOK CHAPTERS
C.Pizzi
Motif discovery with compact approaches - design and applications
In: Ning-Sun Yang (ED) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems,217-234,Intech 2011

INTERNATIONAL CONFERENCES
- A.Apostolico, C.Guerra, C.Pizzi
Alignment Free Sequence Similarity with Bounded Hamming Distance\
In Proc. of Data Compression Conference (DCC 2014), to appear
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Characterization and Extraction of Irredundant Tandem Motifs
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS7608,385-397,2012
- C.Pizzi
Efficient Computation of Statistics for Words with Mismatches
In proc. of Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks and Phylogenies,2010
- C.Pizzi, M.Bianco
Expectation of Strings with Mismatches Under Markov Chain Distribution
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS5721,222-233,2009
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Discovery of Significant Co-occurrences with an Application to Dyad Motif Finding(abs.)
In Proc. of RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, 2007
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Fast Search Algorithms for Position Specific Scoring Matrices
In proc. of Conference on Bioinformatics Research and Development,LNCS4414,239-250,2007
- A.Apostolico, C.Pizzi
Monotone Scoring of Pattern with Mismatches
In proc. Workshop on Algorithms for Bioinformatics (WABI),LNCS3240,87-98,2004
- A.Apostolico, G.Satta, C.Pizzi
Optimal Discovery of Subword Association in Strings
In proc. Intl. Conf. on Discovery Science, LNCS3245,270-277,2004

List of taught course units in A.Y. 2019/20
Degree course code (?) Degree course track Course unit code Course unit name Credits Year Period Lang. Teacher in charge
IN0507 COMMON IN18103361 9 1st Year First
semester
ITA CINZIA PIZZI
IN0508 COMMON IN18103361 9 1st Year First
semester
ITA CINZIA PIZZI
IN0513 COMMON IN18103361 9 1st Year First
semester
ITA CINZIA PIZZI